Metanogene er mikroorganismer som produserer metan gjennom metanogenese. De får mat ved å omdanne enkle organiske forbindelser til metan og karbondioksid.
De kan bruke karbondioksid som primær karbonkilde, samt acetat, format, metanol og etanol. Prosessen skjer i to steg: først brytes organiske forbindelser ned til mindre molekyler; deretter omdannes disse til metan og karbondioksid.
Metanogenese er viktig i miljømessig karbonsykkel, men metanproduksjon bidrar til drivhuseffekten.