Truede arter i Storsjøene
Storsjøene-regionen er hjem for tusenvis av arter og et bredt spekter av økosystemer. Mange arter trives, selv om noen anses som truet. De arter med veldig spesifikke habitatkrav er sårbare for endring, liksom store pattedyr som historisk har blitt jaktet som skadedyr og ennå ikke har gjenopprettet populasjonstallene sine.
Pattedyr
Historisk var gråulven listet som truet i Storsjøene-området, men per slutten av 2010 ble de fjernet fra listen. De tre pattedyrartene som for tiden er listet som truet, er alle flaggermus. De har lidd populasjonsnedgang på grunn av hvitnose-syndrom. Indiana, grå og Ozark storøret flaggermus er alle i fare fra en hvit sopp som har drept mer enn en million flaggermus siden 2006. Andre faktorer som har påvirket flaggermus-tallene er habitattap og forstyrrelse under overvintring av mennesker.
Fugler
Storsjøene-regionen er hjem for fire fuglearter som står på den føderale truede listen. På grunn av habitattap forårsaket bygging av dammer i elver, har dvergterne mistet mye habitat. Menneskelig innblanding i dens habitat har påvirket Kirtland's sanger. Økt strandutbygging og rekreasjon rundt Storsjøenes kyster har påvirket piping plover (sandløper) reirhabitat. Nord-Amerikas høyeste fugl, trane (whooping crane), er også truet i området på grunn av habitattap og jakt.
Reptiler
Per april 2011 er ingen reptilarter listet som truet i regionen, men tre overvåkes og vurderes for listen. På grunn av utvanning av sumpmark og skogavverk, er kobbermage-vannslange og Lake Erie-vannslange listet som truede i området. Tabet av habitat og mangel på skogdekke har etterlatt slangen i større risiko fra rovdyr. Den giftige østlige massasauga-klypeslange er listet som truet eller utruet i hver stat den finnes i. Habitattap og bevisst dreping av mennesker har begge hatt enorm innvirkning på arten. Begge arter kan bli truet når som helst.
Fisk
Storsjøene-regionen er hjem for tre arter truet fisk. Den bleke sturgen har mistet mye av sin elvehabitat på grunn av damming av vannveier. Den er ikke egnet til å overleve i innsjøhabitater og har dermed lidd populasjonsnedgang. Scioto madtom er listet som truet, selv om den kanskje allerede er utryddet; kun 18 eksemplarer har noen gang blitt sett og ingen har blitt registrert siden 1957. Topeka shiner er en liten fisk, funnet i bekkene, som har nedgått hovedsakelig på grunn av omledning for vanning av avlinger og innføring av rovdyrfisk i deres habitat.