Hale
Den mest utydelige forskjellen: aper har lange haler (noen gribende), sjimpanser har ingen hale.
Hjerne-kropp-forhold
Sjimpanser har høyere hjerne-kropp-forhold, større hjerner og viser mer intelligens og menneskelike trekk.
Størrelse
Sjimpanser er større. Hannsjimpanser kan bli 1,65 m høye og veie over 68 kg. Aper overstiger sjelden 90 cm og 34 kg.
Genetikk
Mennesker og sjimpanser tilhører aper (hominoider). Sjimpanser deler ~99 % DNA med mennesker, aper kun ~93 %.
Kroppsholdning
Sjimpanser kan gå på to bein, stå og bevege seg oppreist. Aper går vanligst på fire lemmer.
Levealder
Sjimpanser lever lengre: typisk 35–60 år. Aper sjelden over 50 år.