Keiserpingviner står overfor flere trusler i sitt antarktiske levested:
- Klimaendringer og havistap: smeltende is forstyrrer hekking og kyllingoverlevelse.
- Menneskelig forstyrrelse: forskning, turisme, skipstrafikk kan forstyrre kolonier.
- Rovfugler: leopardsseler, spekkhogger, og noen fugler predator på egg, kyllinger, voksne.
- Mattoverflod: overfiske og havendringer reduserer fisk, blekksprut, krill.
- Sykdom: fugleinfluensa og parasitter kan spre raskt i tette kolonier.
- Lange trekk: ekstremt vær og energitap under reise til hekkeområder.
Klimatiltak, regulert menneskelig aktivitet og bærekraftig fiske er essensielt for deres beskyttelse.