Borneo er hjem for flere kritisk truerte arter som finnes ingen annen steder eller bare på få steder.
Orangutang
Orangutanger er store, rødhårete aper funnet kun i regnskogene på Borneo og Sumatra. Færre enn 100 000 forblir i villien, truet av habitattap, jakt og ulovlig kjæledyrhandel.
Borneo-pygmee-elefant
Denne lille elefantunderarten står ca. 1,5 m høyt og har store ører og lang hale. Færre enn 1 500 forblir, truet av habitattap og jakt.
Borneo-skyskuggaleopard
Kjenneglekkende ved sitt mørke pels med skyaktige mønstre og lang, buskete hale, har denne glitrende katten færre enn 10 000 individer igjen i villien.
Neseape
Hanner har store, hengende neser. Færre enn 7 000 neseaper forblir, hovedsakelig truet av habitattap og jakt.
Dayak-fruktflaggermus
Denne store flaggermusen har en spiss snute og kjøttige leppar. Færre enn 5 000 forblir, truet av habitattap og jakt.