Keiserrpingviner står overfor flere naturlige fiender:
- Leopardsseler: Hovedrovdyr som angriper pingviner som reiser mellom kolonier og havet.
- Spekkhogger (killer whales): Toppredatorer som jakter pingviner i åpent hav.
- Skuer (skuas): Rovfugler som målretter egg og unger nær kolonier.
- Jättepetreller (giant petrels): Store sjøfugler som spiser egg og unger.
- Sødelefantsseler: Sjelden jakter keiserrpingviner.
- Snøpetreller (snow petrels): Kan plyndre uvoktede egg eller unger.
- Isbjørner: Sjelden i kontakt, men kan rovdråte pingviner gitt sjansen.
Keiserrpingviner forsvarer seg ved å være på vakt, danne tette grupper, og bruke sterke svømmeevner. Ekstremt antarktisk vær begrenser også noen rovdyr i hekkesesongen.