Siden Whittakers tid har fremskritt innen molekylærbiologi og genetikk imidlertid ført til en dypere forståelse av de evolusjonære forholdene mellom organismer. Som et resultat hevder noen biologer at Five-Kingdom-systemet er altfor forenklet og ikke gjenspeiler nøyaktig mangfoldet og kompleksiteten i livet på jorden.
En av hovedkritikken i Five-Kingdom-systemet er at det først og fremst er basert på morfologiske og økologiske egenskaper, snarere enn på evolusjonsrelasjoner. Dette kan føre til kunstige grupperinger av organismer som ikke er nært beslektet. Protista Kingdom er for eksempel en kategori som inkluderer et bredt utvalg av organismer som ikke deler en felles stamfar.
En annen kritikk av Five-Kingdom-systemet er at det er for stivt. Det tillater ikke enkel innkvartering av nye funn og gjenspeiler ikke den dynamiske naturen til evolusjonsforhold.
Som et alternativ til Five-Kingdom-systemet foreslår noen biologer å bruke et mer fleksibelt klassifiseringssystem basert på evolusjonsrelasjoner. Denne tilnærmingen, kjent som fylogenetisk systematikk, bruker molekylære data for å konstruere fylogenetiske trær som viser de evolusjonære forholdene mellom organismer. Filogenetiske trær kan brukes til å identifisere monofyletiske grupper, som er grupper som inkluderer en felles stamfar og alle dens etterkommere.
Bruken av fylogenetisk systematikk har ført til anerkjennelse av nye grupper av organismer og en revidert forståelse av de evolusjonære forholdene mellom levende organismer. For eksempel førte oppdagelsen av archaea, en gruppe encellede organismer som er forskjellig fra både bakterier og eukaryoter, til forslaget om et seks-kingdom-system for klassifisering.
Oppsummert hevder noen biologer at begrepet fem riker er utdatert og at mer komplekse klassifiseringssystemer er nødvendige for å bedre forstå mangfoldet og utviklingen av livet.