Markmus er primært herbivore, noe som betyr at kosten deres består hovedsakelig av plantemateriale. De spiser gress, blader, stilker, frø, bær, sopp og andre sopp.
I enkelte tilfeller kan markmus spise små mengder animalsk materiale, som insekter eller larver, men dette er ikke typisk og skjer vanligvis bare når plantemat er knapt. I det hele tatt anses markmus som herbivorer.