Antall og struktur av kromosomer kan hjelpe med å bestemme evolusjonære relasjoner mellom arter. Kromosometall er en artsspesifikk egenskap – for eksempel har mennesker 23 par mens sjimpanser har 24 par. Kromosomstruktur, inkludert båndmønstre og genlokalisering, kan også sammenlignes for å identifisere områder med likhet og forskjell. Ved å analysere disse egenskapene, får forskere innsikt i hvordan arter er relatert evolusjonært.