Flaggermus har generelt en mosket, jordaktig duft produsert av kjemikalier fra hud, pels og spytt. Disse luktene hjelper med kommunikasjon, territoriemerking og paring. Lukten kan være sterk i huler der store kolonier bosetter seg. Noen empfinner den ubehagelig, mens andre opplever den som nøytral eller til og med trøstende.