I Nord-Carolina beboer flaggermus en rekke miljøer. De er vanlige i skoger, hvor de sover i trær og jakter insekter. Grotter gir mørke, fuktige rom ideelle for oppdratt av unger, mens avlagte gruver tilbyr lignende forhold. Noen arter, som den meksikanske frihale flaggermus, sover under bruer. Flaggermus kan også søke skjul i byggverk, bruke lofter, vegger og andre avskjermede områder. Over alt er flaggermus tilpasningsevne og finnes hele staten.