Sykdom: Den svartfotede ilderen er mottakelig for flere sykdommer, inkludert sylvatisk pest, hundevalpe og tularemi. Disse sykdommene kan spre seg raskt gjennom præriehundkolonier, og desimere populasjoner av svartfotilder.
Innavl: Den svartfotede ilderen har en liten bestandsstørrelse, noe som gjør den mer utsatt for virkningene av innavl. Innavl kan føre til tap av genetisk mangfold, noe som kan gjøre befolkningen mer sårbar for sykdom og andre trusler.
Predasjon: Black-footed ildere er byttet på av en rekke rovdyr, inkludert coyoter, hauker og ugler. Ettersom bestanden av svartfotilder har gått ned, har også antallet rovdyr som er avhengige av maten blitt avhengige av dem. Dette kan føre til en økning i rovdyrbestandene, som ytterligere kan true svartfotildere.
Klimaendringer: Klimaendringer er spådd å ha en betydelig innvirkning på svartfotilderen og dens habitat. Etter hvert som klimaet varmes opp, forventes præriehundkolonier å avta, noe som vil redusere mengden ly, mat og reproduksjonssteder tilgjengelig for svartfotildere.