1. fordøyelsessymbiose: Enkelte flagellater er bosatt i fordøyelsessystemene til dyr som termitter og tre-spiser kakerlakker, og hjelper til med å bryte sammen og bruke cellulose, et komplekst sukker som mange dyr ikke kan fordøye på egen hånd. Disse flagellatene hjelper vertene sine med å trekke ut næringsstoffer fra plantemateriale, slik at de kan trives på et kosthold som først og fremst består av tre eller andre celluloserike stoffer.
2. Næringsutveksling: Noen flagellater, som de som finnes i tarmen til visse marine virvelløse dyr, driver med næringsutvekslingssymbiose. De gir essensielle næringsstoffer som vitaminer og aminosyrer til vertene deres, som dyrene ville ha vanskeligheter med å skaffe seg fra miljøet sitt alene. Til gjengjeld får Flagellates beskyttelse og tilgang til næringsstoffene som er til stede i vertens fordøyelsessystem.
3. Bio-luminescerende symbiose: Noen marine dyr, for eksempel visse maneter og dyphavsfisk, har bio-luminescerende flagellater som lever i vevet. Disse flagellatene produserer lys gjennom biokjemiske reaksjoner, og dyrene bruker dette lyset til forskjellige formål, inkludert å tiltrekke byttedyr, avskrekkende rovdyr eller kommunisere med andre medlemmer av deres art.
4. Reproduksjonshjelp: Enkelte Flagellates hjelper vertene deres i reproduksjon. For eksempel har visse arter av maur og termitter symbiotiske flagellater som hjelper dem å produsere flere reproduktiver (dronninger og konger). Disse flagellatene manipulerer vertens utviklingsveier, og sikrer overlevelse og spredning av vertskolonien.
Det er verdt å merke seg at ikke alle interaksjoner som involverer flagellater og dyr er gunstige. Noen flagellater kan faktisk forårsake skade som parasitter, noe som fører til sykdommer og skadelige effekter på vertene. Imidlertid driver mange flagellater også i viktige gjensidige forhold som bidrar til den generelle helse, overlevelse og økologisk suksess for både flagellatet og dyret de lever med.