Fysisk ødeleggelse
Fossiler kan ødelegges av erosjon, glasiasjon, vulkanaktivitet, jordskjelv og menneskelig bygging som veier og bygninger.
Kjemisk ødeleggelse
Kjemiske prosesser som oppløsning av vann eller syrer, oksidasjon og hydrolyse kan ødelegge fossiler.
Biologisk ødeleggelse
Dyr som graver huler, planterøtters vekst og mikroorganismers aktivitet kan skade eller forrøtne fossiler.