Skilpadder og skilpadder tilhører begge den vitenskapelige orden Testudines. Dyr i denne ordenen er distinkte for å ha et skall som i bunn og grunn er et modifisert ribbekasse og ryggmarg. Wisconsin, med sine varierte naturlige våtmarks habitat, er hjem for 12 arter fra denne ordenen som varierer i størrelse og utseende.
Kartskilpadder
Wisconsin er hjem for tre arter fra slekten Graptemys, eller kartskilpadder. Den vanlige kartskilpadden finnes i den vestlige delen av staten og langs hovedelve systemer som løper østover. Den er en medium stor skilpadde som vokser til over 25 cm lang. Den er oliven brun i farge med en fint linert mønster over hele skallet. Ouachita er litt mindre enn den vanlige varianten på omtrent 25 cm lang og er mørkere grønn i farge. Den lever i de større, raskere bevegende elvene i Wisconsin. Den falske kartskilpadden finnes i sørlige Wisconsin. Den er større enn de to andre artene på nesten 28 cm og ligner på Ouachita.
Bløtskalete skilpadder
Staten er det infødte hjem for to arter av bløtskalete skilpadder. Den glatte bløtskalede skilpadden lever i den sørvestlige delen av staten. Den vokser til nesten 35 cm i lengde, har en bred, flat kropp og et lærett hardt skalle. Glatte bløtskalete har spisse snuter slik at de kan forblive nedsunket under vann og bruke nesene som snorkler for å puste. Den østlige spisse bløtskalede skilpadden finnes i alle bortsett fra den mest østlige kanten av nordvestlige deler av staten. Den vokser opp til 46 cm lang og har en lignende kroppsform som den glatte bløtskalede.
Malerskilpadder
Wisconsin er hjem for to underarter av malerskilpadde. Den vestlige malerskilpadden vokser til mellom 10 og 20 cm i lengde og finnes i våtmarkshabitat over hele staten. Den har en mørk oliven farging med en lys gul, tynn linjemønster. Den midlandske malerskilpadden finnes også over hele staten, men mest vanlig i sørøst. Den midlandske har oransje til røde fargete streker på halsen og beina i kontrast til den vestlige gule striper.
Snapskilpadder og skogskilpadder
Den vanlige snapskilpadden er en infødd art funnet i vannveier over hele staten. Den vokser til 41 cm i lengde og har en stor, tung kropp. Den er en aggressiv kjøttätende med kraftige snapende kjeber. Skogskilpadden er en sjelden art som finnes i de mer nordvestlige områdene av staten. Den er en halvterrestrisk art og tilbringer mer tid på land enn statens andre mer akvatiske arter. Den vokser til mellom 15 og 23 cm lang og har en stor, kuppformet skalle.
Blanding's, mosskilpadder og boksskilpadder
Blanding's skilpadde er en sjelden art i staten, men er til stede i de fleste våtmarksområder i lave antall. Den vokser til omtrent 25 cm lang og har en høy kuppformet, mørk grønn skalle. Den vanlige mosskilpadden, også kjent som stinkpotte, er mest vanlig i sør av staten. Den er en liten art som vokser litt over 13 cm lang med en brunlig-grønn kuppformet skalle. Den ornerte boksskilpadden har en distinkt mørk grønn kuppformet skalle med tykke gule stripe mønstre. Den lever i den sørvestlige delen av staten og vokser til mindre enn 13 cm i lengde.