Vannskilpadder plages av en rekke indre og ytre parasitter. Som i tilfellet med alle krypdyr, kan disse parasitene forårsake alvorlige helseproblemer og mulig død, med mindre de behandles. I nesten alle tilfeller, pådrar vannskilpadder seg parasitter gjennom usante miljøforhold. Vannskilpadder som holdes i overbefolkede forhold er også mottaksle for parasittangrep.
Nematoder
Nematoder er vanligvis forekommende indre parasitter i vannskilpadder. De ligner på spolorme som infiserer pattedyr og oppstår når en skilpadde inngir parasitæg som har blitt overført fra systemet til infiserte dyr. Larver, som klokkes ut av disse eggen, modnes til voksne ormer i fordøyelseskanalen til den nye vertsskilpadden. Disse voksne ormene fortsetter å trives og reproducere seg i kroppen til dyret. Infiserte vannskilpadder begynner å gå ned i vekt og utvikle diaré. Disse skilpaddene kan også begynne å kaste opp voksne nematoder. Tilstifiket av denne parasitten kan diagnostiseres etter å ha sett bevis på ormene i skilpadde opkast eller avføring.
Båndormer og leversuger
Tilstifiket av båndormer bekreftes etter å finne de voksne i avføringen til et infisert dyr. En tung båndorm belastning vil få skilpadden til å miste kroppstilstand. En diagnose kan også gis gjennom mikroskopisk avføring undersøkelse. Leversuger infiserer ofte vannskilpadder. Denne indre parasitten krever en mellomvert, som er akvatiske snegl. Skilpadder blir eksponert for larvestadiet av denne sugeren mens de spiser akvatiske snegle. Disse larveparasittene vandrer fra skilpadde munnen til lungene, hvor de modnes til voksne leversuger. Disse parasitene forårsaker lesjoner i lungevevet, og infiserte skilpadder begynner å gå ned i vekt.
Flagellater
Flagellater finnes ofte i ellers friske vannskilpadder, men vil forårsake tarmproblemer hvis de er til stede i store antall. Flagellater finnes typisk i skilpadde nyrer og i urinblæren, men kan også kolonisere gallegangene. Disse parasitene er mikroskopiske organismer som må identifiseres gjennom mikroskopisk avføring undersøkelse. Infiserte skilpadder vil vise tegn på diaré og dehydrering. De vil også sannsynligvis gå ned i vekt og bli merkbart træge. Ufordøyd mat vil være merkbar i avføringen, som blir slimet. Hvis ikke behandlet, kan vannskilpadder dø av denne parasittangrepet.
Iglers
Iglers vil være synlige på huden til vannskilpadder. Disse ytre parasitene fester seg til skilpadde verten og livnærer seg av kroppsvæsker. Med mindre de fjernes, vil de enkelte iglene øke i størrelse mens de livnærer seg av verten. Skilpadder kan ikke bli kvitt parasitene uten hjelp.