Flere nøkkelforskjeller skiller beinfisk fra bruskfisk:
1. Skjelett: Beinfisk har beinskjelett; bruskfisk har bruskeskjelett.
2. Skjold: Beinfisk har bein- eller modifiserte beinskjold; bruskfisk har placoidskjold, som er små, tann-lignende strukturer innlemmet i huden.
3. Finner: Beinfisk-finner støttes av beinstråler; bruskfisk-finner støttes av bruskstråler.
4. Kjevler: Beinfisk-kjevler er dekket av et bein operculum; bruskfisk-kjevler mangler operculum.
5. Tenner: Beinfisk-tenner ligger i kjevene; bruskfisk-tenner ligger på kjever og kjevebuer.
6. Øyne: Beinfisk-øyne er på sidene av hodet; bruskfisk-øyne er på toppen av hodet.
7. Neseborer: Beinfisk har to neseborer; bruskfisk har en.
8. Spyrakler: Beinfisk mangler spyrakler; bruskfisk har spyrakler på toppen av hodet for vanninntak.
9. Halefinne: Beinfisk har symmetriske halefinner; bruskfisk har asymmetriske halefinner.