Bartwhaler står øverst i næringkjeden og har ingen naturlige rovdyr som regelmessig jakter friske, voksne individer. Likevel er kverner (spækhugger) kjent for å jakte unge, syke eller skadde bartwhaler, spesielt gråhvaler.
Menneskjer utgjør den største trusselen gjennom jakt, bifangst og habitathersting. Parasitter kan også påvirke hvalhelsen. Selv om bartwhaler ikke har tradisjonelle rovdyr, forblir de sårbare for disse farene.