1. Grotter og underjordiske rom:
Grotter og underjordiske rom gir ideelle roostingsteder for flaggermus. De tilbyr mørke, konstante temperaturer og beskyttelse mot rovdyr og tøffe værforhold. Mange flaggermusarter danner store kolonier inne i huler, og henger opp ned fra taket eller veggene. Grotter med passende mikroklimaer, for eksempel stabil temperatur og fuktighet, er spesielt attraktive for flaggermus.
2. Skoger:
Flaggermus bor ofte skoger, enten de er tropiske eller tempererte. De bruker trær til å roosting, fôre og navigere. Enkelte treslag, som uthulede gamle trær eller trær med løs bark, gir passende rom for flaggermus å roost om dagen. Skoger tilbyr en mangfoldig insektpopulasjon, og tjener som en rik matkilde for insektive flaggermus.
3. Urbane områder:
Overraskende nok har mange flaggermusarter tilpasset seg å bo i urbane miljøer. Urbane områder tilbyr roostingsteder i bygninger, broer og til og med under takskjegget av hus. Noen arter har lært å utnytte kunstige lyskilder for fôring, der insekter samles tiltrukket av lyset. Urbane områder kan imidlertid utgjøre utfordringer for flaggermus, da de kan møte farer som ødeleggelse av habitat, lysforurensning og kollisjoner med bygninger.