Den svarte spiderapen sitter nær toppen av regnskogens næringkjede, men de har likevel noen fiender.
Store katter som jaguar og puma kan rovfore dem, spesielt hvis apene er sårbare. Store slanger som anakondaer kan trenge unge aper, og kraftige harpyeer er i stand til å ta voksne, selv om det er sjelden.
Den største trusselen kommer likevel fra mennesker gjennom jakt, skogavvirkning og habitattap. Spideraper strever på smidighet og gruppesamliv for å unngå de fleste naturlige fiender.