Pennsylvania har en stor variasjon av vannveier og våtmarks habitat som gir hjem for en rekke arter. Skilpadder trives i statens våtmarker, med 14 kjente arter registrert i staten. Noen av artene er vanlige og utbredt, mens andre er beskyttet av loven. Noen av de lokale artene kan også være utdøde i staten.
Vanlige skilpaddearter
Snapskilpadden er en av statens vanlige arter. Den blir mellom 20 og 46 cm lang og har et beint, grovt skalle. Midland malerskilpadden er en flatkropp art som blir opp til 20 cm og er også vanlig. Den østlige malerskilpadde underarten er rigelig i staten og ligner nært på midland typen. Den andre vanlige Pennsylvania arten er den vanlige mosskilpadden, som blir 13 cm og har en stor kuppformet skalle.
Sjelne skilpaddearter
Av de infødte skilpaddeartene, er fem oppført som arter av bekymring, noe som betyr at lokale populasjonstall synker og kan føre til truende status. Den lille flekkete skilpadden finnes bare i noen få grevskaper, liksom dens nære slektning, skogskilpadden. Den vanlige kartskilpadden sine tall er også i nedgang. Den er en stor, flatkropp art som blir 25 cm lang. Den østlige boksskilpadden har en kuppformet skalle og blir 20 cm i lengde. Den spisse bløtskalede skilpadden er også en stor art, som blir 43 cm og har en rund, flat kropp.
Beskyttede skilpadder
Når arter når en vurdering av å være truet eller utdøende, tas juridiske skritt for å beskytte dem. Myreskilpadden er en utdøende art i staten og beskyttet av loven. Den er en liten art som blir 10 cm lang og har en høy, kuppformet skalle. Blanding's skilpadde er, per juni 2011, ennå ikke utdøende men vurderes for en oppgradering til denne statusen. Statens andre truet art er den nordlige rødmage cooter, som bare finnes i de sør- og nordre delene av staten.
Lokalt utdøde skilpadder
Når populasjonstall for en art synker til ekstremt lave tall, kan det være sjelden at de sees i villmark, noe som kan føre til at arten anses som utryddet. Dette betyr at det tror at de er lokalt utdøde, men kan på et senere tidspunkt bli funnet igjen i området. Den østlige sumpskilpadden, på et tidspunkt funnet i sørøst Pennsylvania, er en slik art. Den har ikke blitt observert i området i en stund og kan ikke lenger være til stede. Midland glatt bløtskalete skilpadde har heller ikke blitt registrert i staten de siste årene, men er en historisk innbygger og kan fortsatt være til stede i små antall.