Flere metoder brukes for å kontrollere havneorm-populasjoner og redusere deres innvirkning på storvannsfiskeri.
Kjemisk kontroll: TFM (3-trifluoromethyl-4-nitrophenol) påføres elver i larvestadiet, dreper havneormer med minimal skade på annet akvatisk liv.
Barrierer: Demninger og elektriske barrierer blokkerer voksne havneormer fra å nå oppstrøms gyteplasser.
Steril-hanne-teknikk: Sterile hanner slippes ut for å konkurrere med ville hanner, med ufruktbare egg og redusert reproduksjon som resultat.
Felling: Feller fanger voksne havneormer under gytevandring.
Habitatmodifikasjon: Endring av elvebunn eller vannstrøm kan gjøre habitater mindre egnet for gyting.
Integrert skadedyrkontroll: Kombinasjon av kjemisk behandling, barrierer, felling og habitatendringer gir en omfattende løsning.
Naturlige rovdyre: Arter som innsjøørret kan predere på havneormer i ulike livsstadier.