Primærkonsumenter okkuperer ikke alltid det første trofiske nivået i et næringssnett. I de fleste terrestriske økosystemer består basen av fotosyntetiske produsenter som planter og alger. Likevel i visse miljøer – mest bemerkelsesverdig dyphavs hydrotermale kilde økosystemer – er primærproduksjon drevet av kjemosyntese snarere enn sollys.
I disse unike systemene danner kjemosyntetiske bakterier og archaea grunnlaget for næringssnettet. Primærkonsumenter i disse habitatene er organismer som spiser direkte av disse mikroorganismene. Dette illustrerer at trofisk struktur avhenger av tilgjengelig energikilde, og primærkonsumenter kan eksistere på ulike nivåer avhengig av økosystemet.